Многие чудеса, обильным потоком изливавшиеся на всех притекающих к святым мощам дивного чудотворца святителя Митрофана Воронежского, которые имели глубокую веру к цельбоносной раке и искавших врачевства недугов душевных и телесных, останутся лишь в благодарной памяти получивших благодатную помощь св. Митрофана. Но есть и такие, которые дошли до епархиальной власти и были зафиксированы. Вот несколько примеров чудесного исцеления:

1. Дворовый человек Петр Юрьев, совершенно глухонемой от рождения, ко дню открытия мощей святителя Митрофана был прислан в Воронеж. Приложившись к мощам угодника Божия, он стал слышать и говорить, но, не зная названия вещей, сначала только повторял слова, произносимые другими. В следующем месяце он начал уже учиться азбуке.

2. В конце июля 1832 года у майора Александра Юрьева сильно заболела дочь Наталия, у которой десны и язык покрылись гнойными ранами. Десять дней она была без пищи и с большим трудом могла проглотить только капельки чая. В день открытия честных мощей св. Митрофана девочку приобщили Св. Христовых Тайн, после чего она почувствовала некоторое облегчение. Когда же на другой день ее принесли к раке святителя и она приложилась к святым мощам угодника Божия, то болезнь сразу прошла: рот очистился от гнойных ран и она смогла есть даже твердую пищу.

3. Девица Мария Николаевна Толстая в августе 1832 года почувствовала в голове мучительную боль, а в горле стеснение от внутренних спазм, так что не смогла употреблять никакой пищи. Боль увеличивалась, врачи не могли помочь. 12 сентября родной брат Марии принес ей из Воронежа ленту, которая была положена в раку св. Митрофана. Как только этой лентой больной перевязали голову, то болезнь несколько уменьшилась. В то же время у больной появилось непременное желание ехать для поклонения угоднику Божию Митрофану. Когда 18 сентября она приложилась к его святым мощам и на нее была положена его мантия, то в тот же день ей стало лучше и болезни прекратились.